毕达哥拉斯认为，万物的本原是数，数是事物的本性。每个事物都显示着数学的规定，“一”的同一性关系，“二”的双方相互关系，“三”的多个事物之间的协同关系，表现出数的秩序性。数作为事物的本原，本性，就内在于事物，由于当时自然哲学发展较低，自然哲学把万物规定为有个内在共同的“东西”，就是“本原”，毕达哥拉斯认为数是万物本原，意思就是，“数是内在于所有东西中的一个真实存在的东西”，他毕达哥拉斯认为数字是现实存在的，并且在每个物体身上，否则哪来的运用在事物身上的那么可靠的有效性呢？所以，数是构成事物，并且附在事物身上的本原，是个真实并且现实的东西。数即是万物的本原，又是真实存在在事物里面的东西，那么，现实事物显然是可以再分的，如“一棵树可分为29片叶子，7个树杈，1个树干”，这里面可以再分出很多数字，那么数字呢？问题就出在这，对于数字，毕达哥拉斯认为，既然可以运用在物体上，那就在物体身上真的有数字这么个东西，所以出了很大的麻烦。而数学最小的单位是“1”，毕达哥拉斯认为，1就是最小的东西，他不能分，但是生活中所有东西都可以再分，比如，一个豆子，它是1，那么豆子可以分，1还在吗？1是可分的吗？这对于只有有理数时代的毕达哥拉斯教义是违背的，有理数之为有理数，就是数是秩序，准确，和谐与美的对物质，本原的说明。所有，一个豆子是“1”，你吃掉了“1还在吗”？“1”个面包把它掰开，还是“1个”吗，你全部吃掉，“1”还在吗，那这面包又不能掰又不能整个的吃，面包还能吃？现实中随便举一个，深挖都容易出问题，但数学本身却从不出错，那么数描述不了可分的事物，能是“本原”吗？他不是本原，他凭什么说明事物呢？他说明事物为什么总是有效，因为数在事物附着在事物身上吗？这就是希腊人独特的思维模式，是其他文明望尘莫及的。吃豆子的问题和吃面包的问题，也就是早期数学在描述事物常见的，一与多，整体与部分，连续和间断等等关系的问题。归根结底是个哲学问题，并且在吃豆子上和当时的自然哲学有直接关系，总把本原当东西，还是现实存在于每个东西之内的东西。
那个时代的哲学认为，人由肉体和灵魂组成。肉体是世俗的，污浊的，有重量。灵魂是高尚的，纯粹的，没有重量，很轻盈。人只能在陆地上生活，是因为灵魂不够高尚，占比太小，所以就落在地上。能够飞上天的小鸟，因为它们灵魂更高尚，占比更大，因此身体更轻盈。天使，是最高尚的，他们在最高层，甚至没有肉体，全由灵魂组成。肉体会衰老死亡，但灵魂不会，人死后，灵魂保持高尚品性的，就会很纯粹，很轻盈，会往上升，最高地点就是天堂。灵魂被世俗生活污染的，就会变污浊，变重，会往下降，最低处就是地狱。因此他们觉得小鸟是比人类高尚的，是我们祖先当中修行高的人，死亡后灵魂往上升，成为了小鸟。小鸟吃豆子为生。人与小鸟争豆子吃，就是亵渎自己高尚的祖先。
（1）早期的希腊人认为人死了以后其实是生活在坟墓里，除了一般情况下无法和阳间的人互动以外，别无二致。
（2）后来慢慢发展出了人死后要去地下，有回答提到了俄尔甫斯教的洁食，这是有的，但是拿来论证为什么不吃豆子是不合适的，或者说是背道而驰的。
古希腊人认为，一些植物的根茎会把地下的灵魂纳入到果实中，豆类是最明显的一类，为什么呢？因为人吃了以后会放屁。你吃下豆子以后，死者的魂灵在你的肚子里四处找寻出口，最终在你的菊部地区夺路而逃。这大抵是古希腊部分群众不吃豆子的原因了。为什么我说俄耳甫斯教反而可能不是这种观点的支持者呢，因为俄耳甫斯教其实受东方文化影响，他给希腊世界引入了轮回的概念。